3x01 Благословленный путь (The blessing way). Малдер чудом уцелел после пожара в закопанном в землю вагоне, устроенном по приказу Курильщика. Специальная комисия ФБР отправила Скалли в принудительный отпуск, а Малдера сочли погибшим, и проект "The X-files" был закрыт. Тем временем в резервации индейцы лечили его по старинным обычаям своего племени. Скалли обнаружила микрочип, вшитый ей под кожу в основании шеи. Опрятный человек неожиданно рассказал ей о готовящемся на неё покушении. Люди Курильщика заметали следы, стараясь найти кассету с закодированными файлами проекта "Majestic". Они застрелили сестру Скали Мелиссу, по ошибке приняв её за Дану; 3x02 Скрепка (Paper clip). Побывав на заброшенной горной фабрике, Малдер и Скалли нашли там секретный архив, в котором хранились досье практически на каждого жителя США. Опрятный человек поведал Малдеру, что его отец работал совместно с нацистами, проводящими над военнопленными опыты с целью создания гибрида человека и пришельца. Члены Синдиката тем временем потребовали от Курильщика как можно быстрее найти кассету с файлами "Majestic". Выяснив, что кассета находится у Скиннера, Крайчек организовал нападение на него и завладел информацией. Скиннер добился восстановления проекта "The X-files". Перевод Ю. Живова.